用人单位之所以这样做，主要是想逃避法律规定的以工资为基数计算的缴纳社会保险费、计算加班费等责任。然而这种做法是不合法的。
如果有发放记录等证据证明企业发放的工资与劳动合同的工资不一致，一旦发生纠纷，仲裁机构和会支持以实际工资为准。出现这种情况时，劳动者一定要留心保留领取工资数额时的证据。
而劳动者为了保障自己的利益，可以与用人单位协商变更劳动合同，将劳动合同的工资改成实际支付的工资。
一、关于“加班费计算基数”约定的注意事项
关于加班费计算基数“约定优先”原则的适用并非不受任何，双方约定违反法律强制性规定的，当然无效。因此，用人单位与劳动者约定加班费计算基数，应当特别注意以下两点：
1、加班费计算基数不得畸低于劳动者正常工作时间工资标准。
用人单位员工工资结构通常分很多细项，但计算加班费时仅以“基本工资”或“底薪”作为计算基数，这种情况相对较多，偶尔有用人单位以“基本工资”或“底薪”与其他工资项目之和作为计算基数，也并没有包括所有工资项目。如果用人单位与劳动者约定的加班费计算基数畸低于劳动者正常工作时间工资标准，该约定将因违反法律的强制性规定而归于无效。
2、加班费计算基数不得低于最低工资标准。
最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定，在法定工作时间或劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。最低工资标准是劳动者正常工作时间工资的底线，也是法律关于工资的强制性规定，劳动者正常工作时间工资不得低于最低工资标准，因此用人单位与劳动者约定的加班费计算基数，不得低于最低工资标准，否则该约定将因违反法律的强制性规定而归于无效。根据《最低工资规定》(劳动和社会保障部令第21号)第十条的规定，最低工资标准每两年至少调整一次。由于最低工资标准调整周期短，而劳动合同关于加班费计算基数约定的变更不及时，经常出现滞后导致约定失效。因此，当本地最低工资标准作出调整后，用人单位应当及时调整加班费计算基数的约定。
二、加班工资认定标准是怎么规定的
1、如果劳动合同明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费的计算基数。应当注意的是，如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以“基本工资”、“岗位工资”或“职务工资”单独一项作为计算基数。
2、如果劳动合同中有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为加班费的计算基数。凡是用人单位直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等都属于实际工资，具体包括国家统计局《关于工资总额组成的规定若干具体范围的解释》中规定“工资总额”的几个组成部分
但是应当注意一点，在以实际工资都可作为加班费计算基数时，加班费、伙食补助和劳动保护补贴等应当扣除，不能列入计算范围。
3、在确定职工日平均工资和小时平均工资时，应当按照劳动和社会保障部《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》规定，以每月工作时间为20.92天和167.4小时进行折算。
4、实行计件工资的，应当以法定时间内的计件单价为加班费的计算基数。
5、加班费的计算基数低于当地当年的最低工资标准的，应当以日、时最低工资标准为基数。
【本文关联的相关法律依据】
根据《劳动合同法》第1规定：劳动合同对劳动报酬和劳动条件等标准约定不明确，引发争议的，用人单位与劳动者可以重新协商；协商不成的，适用集体合同规定；没有集体合同或者集体合同未规定劳动报酬的，实行同工同酬；没有集体合同或者集体合同未规定劳动条件等标准的，适用国家有关规定。