中统和军统的区别在于主管上级单位不同，然后工作内容也不一样，控制的势力范围也是不同的。
1、主管上级单位
军统直接隶属于军事委员会，是编制，工作人员为现役军人，有军装有。而中统由党部管理，中统是党务机构，没有，常见的制服是中山装。
2、工作内容
中统的工作重心是监控机关内部情况;打击一切之外的党派;控制社会和思想。军统属于序列，主要任务是收集各类情报、对监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。
3、控制的势力范围
中统在各省各大城市的、党部和局中，具有最大化的控制力，蒋介石也有意不许军统染指，以免戴笠失控;而军统在野战、各地警备司令部和军事机构中有绝对优势，这些也是中统禁区。